คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล ได้ก่อตั้ง องค์การมะเร็ง ขึ้นเมื่อกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2488 เพื่อเป็นศูนย์กลางของการตรวจรักษา ป้องกัน และศึกษาค้นคว้าเกี่ยวกับโรคมะเร็งแต่การดำเนินงานได้หยุดชะงักไปเนื่องจากสภาวะหลังสงครามโลกครั้งที่ 2
   ต่อมาในปี พ.ศ. 2500 คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล ได้รื้อฟื้นองค์การมะเร็งขึ้นมาอีกครั้งหนึ่ง โดยแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานขึ้น ประกอบด้วยผู้แทนของภาควิชาทุกภาควิชา มีศาสตราจารย์นายแพทย์อำนวย เสมรสุต เป็นประธานฝ่ายวิชาการคนแรก และนายแพทย์ประเสริฐ นิลประภัสสร เป็นเลขานุการ คณะกรรมการดำเนินงานได้เสนอให้เปลี่ยนชื่อจาก องค์การมะเร็ง เป็นสถาบันมะเร็งโรงพยาบาลศิริราช มีที่ทำการอยู่ที่แผนกรังสีวิทยาในสมัยนั้น โดยจัดให้มีการประชุมปรึกษาหารือเป็นครั้งคราว คณะกรรมการอยู่ในตำแหน่งคราวละ 1 ปี

วัตถุประสงค์ ของสถาบันมะเร็งโรงพยาบาลศิริราชที่สำคัญ

   1. ทำการป้องกันและควบคุมโรคมะเร็ง โดยการให้ความรู้เกี่ยวกับโรคมะเร็งและวิธีป้องกันรักษาที่ได้ผลดี แก่นักเรียน นักศึกษา และประชาชน
   2. รวบรวมและวิเคราะห์ข้อมูลเกี่ยวกับผู้ป่วยโรคมะเร็งชนิดต่าง ๆ ในผู้ป่วยมะเร็งที่มารับการตรวจและรักษาใน รพ.ศิริราช
   3. สนับสนุนให้มีการทำศึกษาและวิจัยเกี่ยวกับโรคมะเร็ง

   ปี 2502 คณะกรรมการดำเนินงานของสถาบันมะเร็งโรงพยาบาลศิริราช ได้ตั้งคณะอนุกรรมการขึ้นจากคณะกรรมการดำเนินงาน จัดตั้ง Tumor Clinic ขึ้น ทำหน้าที่เป็นศูนย์ประชุมปรึกษาหารือตัดสินปัญหาการวินิจฉัย และการรักษาโรคมะเร็ง โดยนัดให้แพทย์นำคนไข้โรคมะเร็ง หรือสงสัยว่าเป็นโรคมะเร็งมาที่ Tumor Clinic ทุกบ่ายวันพฤหัสบดี เวลา 13.00 น. ณ ห้องตรวจคนไข้ศัลยกรรมชายตึกตรวจผู้ป่วยนอก (O.P.D) หลังริมน้ำ ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา
   ต่อมาปรากฏว่าจำนวนผู้ป่วยมะเร็งเพิ่มขึ้น จึงได้เพิ่ม Tumor Clinic เป็น 2 วัน/สัปดาห์ คือ.วันจันทร์และวันพฤหัสบดี ส่วนผู้ป่วยมะเร็งอวัยวะสืบพันธุ์สตรีนั้นได้แยกจัด Tumor Clinic ต่างหากในบ่ายวันศุกร์ ทุกสัปดาห์ โดยใช้ห้อง P.V. ตึกผ่าตัดสูติ-นรีเวชเดิม และมีศาสตราจารย์นายแพทย์เติม บุนนาค นายแพทย์ประเสริฐ นิลประภัสสร อาจารย์และแพทย์ประจำบ้านสูติ–นรีเวช เข้าร่วมประชุมในสมัยแรก ๆ
   คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล ได้ก่อตั้งมูลนิธิเพื่อสถาบันมะเร็งโรงพยาบาลศิริราช เมื่อวันที่ 16 มิถุนายน พ.ศ. 2513 โดยคณบดีคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลเป็นประธานโดยตำแหน่ง คณะกรรมการประกอบด้วยผู้ทรงคุณวุฒิที่ได้รับเชิญจากที่ต่าง ๆ คณะกรรมการมูลนิธิ มีหน้าที่รับผิดชอบ บริหารด้านการเงินของมูลนิธิฯ ให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ ซึ่งปรากฏในตราสารของมูลนิธิฯ
   1. สนับสนุนกิจการเกี่ยวกับการรักษา ศึกษา และวิจัยโรคมะเร็ง
   2. ช่วยเหลือบริการผู้ป่วยมะเร็ง
   ดังนั้นสถาบันมะเร็งโรงพยาบาลศิริราช มีคณะกรรมการดำเนินงานคณะ คือ คณะกรรมการ มูลนิธิเพื่อสถาบันมะเร็งโรงพยาบาลศิริราช และคณะกรรมการฝ่ายวิชาการ

   ปี 2538 สถาบันมะเร็งโรงพยาบาลศิริราช เปลี่ยนเป็นสถานวิทยามะเร็งศิริราช ขึ้นกับคณบดีคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มูลนิธิเพื่อสถาบันมะเร็งโรงพยาบาลศิริราช ก็ได้แยกตัวเปลี่ยนเป็นมูลนิธิโรคมะเร็งโรงพยาบาลศิริราช โดยสำนักงานของทั้ง 2 หน่วยงาน ตั้งอยู่ ณ ตึก 72 ปี ชั้น 1 และดำเนินงาน Tumor Clinic ที่ห้องตรวจ Tumor Clinic ตึก 72 ปี ชั้น 1 เช่นกัน

   ปี 2548 สถานวิทยามะเร็งศิริราชได้ย้ายสำนักงาน และ Tumor Clinic มายังอาคารเฉลิมพระเกียรติ ชั้น 13 และมูลนิธิโรคมะเร็งโรงพยาบาลศิริราชได้ย้ายสำนักงาน ไปอยู่ที่ ตึกมหิดลบำเพ็ญ ชั้น 2

   ปี 2550 สถานวิทยามะเร็งศิริราช ได้ปรับนโยบายเพิ่มเติม คือ
   1. บันทึกสถิติมะเร็งในโรงพยาบาลศิริราช
   2. ดำเนินการจัดทำระบบการบันทึกประวัติผู้ป่วยมะเร็ง และอำนวยความสะดวกในการบันทึกข้อมูลร่วมกันในคอมพิวเตอร์
   3. เป็นศูนย์รวมให้แพทย์และบุคลากรทางการแพทย์ที่รักษาดูแลผู้ป่วยมะเร็ง ได้ประชุมปรึกษาหารือกันเพื่อวางแผนการรักษาในแนวเดียวกัน
   4. จัดการเผยแพร่ความรู้สู่ประชาชนเรื่องมะเร็งที่พบบ่อยเป็นประจำทุกเดือน
   5. จัดการเผยแพร่ความรู้สู่ประชาชน ในนิทรรศการสัปดาห์ต่อต้านโรคมะเร็ง
   6. จัดหาทุนเพื่อใช้ในกิจการด้านมะเร็ง
   7. ส่งเสริมการทำงานวิจัยเกี่ยวกับโรคมะเร็งจัดทำเอกสารเผยแพร่ความรู้ สู่ประชาชน

   สำหรับในส่วนของ Tumor Clinic นั้น ในปี 2551 สถานวิทยามะเร็งศิริราช ได้ปรึกษาขอความเห็นในการย้าย Tumor Clinic จากอาคารเฉลิมพระเกียรติชั้น 13 ห้อง 1318 ซึ่งสถานที่ไม่เอื้ออำนวยต่อการให้บริการ และอาจเกิดความไม่ปลอดภัยต่อผู้ป่วย เนื่องจากเป็นอาคารสูง การเดินทางต้องอาศัยลิฟท์โดยสาร การเคลื่อนย้ายผู้ป่วยมีความยากลำบากตลอดจนไม่มีอุปกรณ์การช่วยชีวิตรองรับการทำงาน จึงได้หาสถานที่เหมาะสมสำหรับเป็นห้องตรวจ โดย Tumor Clinic ได้ย้ายไปดำเนินการ ณ หน่วยตรวจโรคโลหิตวิทยา ตึกผู้ป่วยนอกชั้น 6 ห้อง 602 ตั้งแต่เดือนเมษายน 2551

   ต่อมาในเดือนธันวาคม 2557 เนื่องจากหน่วยตรวจโรคโลหิตวิทยาย้ายขึ้นมาที่ตึกผู้ป่วยนอกชั้น 7 ห้อง 700 Tumor Clinic จึงได้ย้ายตามมาด้วย โดยยังคงวันที่ให้บริการเป็นวันพฤหัสบดี ตั้งแต่เวลา 13.00 น.เป็นต้นไป
   ส่วนสถานวิทยามะเร็งศิริราช ยังคงอยู่ที่อาคารเฉลิมพระเกียรติ ชั้น 13 เช่นเดิม

   ปี 2512 คณะกรรมการฝ่ายวิชาการสถาบันมะเร็งได้ดำริที่จะจัดรวบรวมสถิติผู้ป่วยมะเร็งทั้งหมดของโรงพยาบาล กล่าวคือผู้ป่วยในเท่านั้น หากเมื่อได้เก็บรวบรวมจำนวนผู้ป่วยมะเร็งทั้งในและนอกโรงพยาบาลแล้ว ก็นับได้ว่าเป็นสถิติผู้ป่วยมะเร็งของโรงพยาบาลศิริราชทั้งหมด ซึ่งจะยังประโยชน์แก่บรรดาแพทย์ผู้ทำการวิจัย และศึกษาในด้าน Epidemiology และนำไปเปรียบกับสถิติของต่างประเทศด้วย จึงได้จัดตั้งหน่วยสถิติของสถาบันมะเร็งโรงพยาบาลศิริราช และได้เริ่มจัดพิมพ์ Tumor Registry ซึ่งเป็นมาตรฐาน โดยใช้ Terminology และ Classification ตาม WHO – ICD Coding ขึ้นเป็นเล่มแรก ต่อมาก็ได้ตีพิมพ์เผยแพร่เป็นรายปีตลอดจนถึงปัจจุบัน